Landsarkivar Hans Knudsen har i Fynske Årbøger 1941 skrevet om "Fynske Maalsmænd og Maalbønder", herunder også omtalt den ene af de to gårde i Egebjerg (Alpevej 3), som påkaldte sig Hans Knudsens interesse fordi den hørte til en lille men indflydelsesrig gruppe af selvejergårde. Det ses af, at der imellem gårdens ordinære afgifter til Kongen, skulle ydes 3 skilling målpenge (1563), i 1591 er beløbet forhøjet til 6 skilling 2 alb. Disse selvejerbønder går under benævnelsen målbønder og havde oprindeligt haft en særstilling ved Danehoffet på Nyborg Slot. Da lensmanden i Nyborg Laurits Brockenhus sidst i 1500-tallet således skulle udpege en ny herredsfoged for Sunds herred faldt valget da også netop på Egebjerggårdens ejer Hans Hellesen.
Vi har kendskab til en retssag fra 1588, som Hans Hellesen pådømte. Forhistorien til denne proces går helt tilbage til årene lige efter reformationen 1536, da Jørgen Pedersen blev kaldet som sognepræst til Ollerup af Ejler Rønnow til Hvidkilde, men den lokale befolkning, der endnu hang fast i den katolske trosverden, bød ikke sognets første lutherske præst velkommen, snarere tværtimod, de lukkede ganske enkelt kirkedøren for ham 3 søndage i træk, hvorfor den arme præst ikke så anden udvej end at søge hjælp hos fruen på Nielstrup, fru Gertrud Parsberg, der også lovede at hjælpe ham, men kun hvis hun som påskønnelse for sin indsats fik halvdelen af Ollerup præstegårds jordtilliggende, hvilket han gik ind på. Jeg har ved at studere sagen nærmere fået den mistanke, at fru Gertrud Parsberg drev dobbeltspil, og at hendes motiv var ren chikane overfor Ejler Rønnow på Hvidkilde? Uanset hvad så måtte Jørgen Pedersens efterfølgere i embedet finde sig i at deres indkomstgrundlag var blevet stærkt forringet.
Sognepræsten i Ollerup Niels Knudsen (1577-91) gjorde dog et ihærdigt forsøg på at få retten på sin side ved at anlægge sag an mod ejerne på Nielstrup, Ejler Bryske og Sophie Lunge, for at få jorderne tilbage igen. Desværre for præsten blev sagen først anlagt i 1588 eller 40-50 år efter det skete. Og selvom Hans Hellesen havde stor sympati for præstens begæring, måtte hans afgørelse gå Niels Knudsen imod, grundet på at Nielstrup havde mere end 20 års rolig hævd på jorden. Jeg mener i dag at kunne sandsynliggøre, at Skovsgård i Stågerup er opført på den præstegårdsjord, der blev fradømt præsterne i Ollerup

Landsarkivar Hans Knudsen har behandlet Egebjerggårdens historie helt frem til 1791, da gården gled over iblandt de almindelige fæstegårde. I 1700-tallet var gården beboet af folk udenfor den egentlige bondestand.
Efter Hans Hellesen nævnes som ejer Niels Hansen (1598), Rasmus Nielsen Bonde (1640). I 1653 pantsatte Kronen sin herlighedsret i gården til Otte Krag, der fra 1656 skrev sig til Egeskov gods, 1756 kom gården til Jens Lange på Rødkilde, for endelig i 1779 at overgå til Hvidkilde.
Gården blev i flere tilfælde i 1600-tallet benævnt Bondegården i Egebjerg, og 1660 kom en af gårdens mere markante beboere, Søren Christensen (1627-1703), der var en meget proceslysten herre, som på vegne af Egeskovs ejer eller kirken satte bønder og andet godtfolk stævne på tingstedet, når de var kommet i restance med landgilde, skatter eller andre afgifter. Efter ham fulgte kaptajnløjtnant Hans Anton Curtius (1676-1729), der deltog som aktiv i Den store nordiske Krig 1700-21. Curtius fik en storstilet begravelse i Kirkeby i 1729. I kirken blev efterfølgende ophængt et harnisk med en mindeskrift over ham. Dette harnisk blev i 1921 overdraget til Svendborg og Omegns Museum. Boopgørelsen efter Curtius giver iøvrigt mange interessante oplysninger. Vi får en beskrivelse af den salige ritmesters klæder: 1 rød hue med "foeder" om og en "guldtraaed qvart", 1 hat, 1 gl. sort klædes underklædning, 1 gl. grønklædes klædning af kiol, vest og bukser med kamelhårs knapper udi, 1 rød klædes klædning af kiol, vest og bukser med forgyldt messing knapper udi, 1 brun klæde kiol og bukser med kamelhårs knapper udi, 1 rød klædes vest med "guld galoner paa", 1 par handsker broderet på kanterne, samt 1 kårde "gehæng" af guldlæder. Usædvanlig var også hans bogsamling: 1 tysk bog Titus Libius og Lucius Telorus, 1 gl. dansk huspostil, Doktor Johan Lorentz Sande Christendom, Medelbyes passions for Klaring in octava, Nogle andre gl. tyske, danske, latinske og franske bøger. Interessant er det også, at hans sønner dels modtog hjemmeundervisning dels blev undervist i Ollerup præstegård af provst Vitus Bering. I 1737 fæstede Monsr. Iver Hunsholt og hustru Anna Sophia Mathiasdatter gården efter Madame Curtius. 1750 nævnes foged Niels Stehr til Løjtved, Skjoldemose og Flintholm og endelig i 1755 fik Sr. Jørgen Thune og hustru Sara Nellemann gården for lang og tro tjeneste. Jørgen Thune døde i 1791 og efterlod sig bohave, bøger og anden velstand.

I 1791 kom Anders Knudsen (1743-1822), født i Stenstrup, som ny fæster, og samtidig benyttedes lejligheden til at forny en del af gårdens længder. I Anders Knudsens fæstebrev antydes det at noget sådant skulle ske, og la Cour har en bemærkning om, at to af gårdens avlsbygninger var opførte i 1793. Anders Knudsen havde flere meget foretagsomme sønner i Kirkeby sogn, Otto Diderik Andersen ægtede i 1805 enken i den gamle præstegård i Kirkeby, og 1834 havde han bestillingen som sognefoged i sognet. En anden søn Vilhelm Christian Andersen tog i 1817 enken i Smedegården i Kirkeby, som endnu på det tidspunkt var beliggende ved Hørup å. Ridende og kørende gæster til Kirkeby kirke fik opstaldet deres heste i hans gård, og helt op til nutiden har der gået ry af det gammeltøl han havde i tønderne, og hvormed kuskene så rigeligt forsynede sig mens bryllupsgæsterne var i kirke. Men det blev den tredje bror Mads Bonde Andersen (1789-1852), der lige efter faderens død i 1822 fik fæste på den gamle målsgård, og det var ham der i 1852 købte gården fri fra Hvidkilde, men samme efterår dør han og gården sælges nu til Knud Jensen (1806-1878), der stammede fra Ryslinge sogn. I 1870 overdrages gården til sønnen Jens Peter Knudsen, hvis hustru Mine Lundsgård fejrede store triumfer i sit hjemmemejeri. Ved Svendborg Amts landøkonomiske Selskabs smørudstilling i Nyborg 1881 fik hun således en ekstrapræmie for sit smør. Og det blev den direkte anledning til, at Jens Peter Knudsen året efter indrettede et fællesmejeri på gården, hvor den senere mejeribestyrer Rasmus Nielsen i Kirkeby begyndte sin uddannelse til mejerist. Da konkurrencen kom fra andelsmejeriet i Kirkeby forsøgte Jens Peter Knudsen sig med margarineproduktion, dog uden den store succes, så mejeriet afvikledes i 1893. I 1890 afløstes det gamle stuehus af det nuværende, som overlevede branden i 1937, da de gamle stråtækte avlsbygninger fra 1793 gik op i luer.
Gården forblev i samme families eje til ca 1970.